摩尼教又称明教，在元朝也是合法信仰，较流行于浙、闽地区。其后这教渐渐和佛、道相混，塑像和寺院名称并不能由表面判别，但摩尼教确实是个独立由西方传来有段历史的宗教。
百花齐放的南北文学
元朝在文学方面是采取放任的态度。虽然《元史》缺〈艺文志〉，但从清代以后的多位学者补辑所知，元朝统一中国，将源于唐及北宋的金代华北之学，以及南宋的南学混融，加上蒙古、西域人的汉学因素，呈现出文学发展百花齐放的局面。例如，元朝著名文人苏天爵将有关政治、具教化的诗文编成《国朝文类》一书，全书的作者约有一百三十多人，是了解元代文学的上佳著作。前朝遗民的思念故国情怀之作在元代亦比比皆是，如谢翱哀悼文天祥的《登西台恸哭记》。
元代时期，北族人习染不少汉文化，当中可从他们的文学作品里略见一斑，如身为礼部侍郎的蒙古人泰不华，兼长各体诗，有晋唐风度；西夏人余阙有唐诗风；阿拉伯人赡思，通经史、地理、老、庄、法家之学，有著作及文集；女真人孛术鲁翀为博学通儒，诗文质实不浮。
经学是儒学主要研习的内容，虽然朱子学说在元代是主流，但经学仍是传统修读的要务。北族中以经学成就称著的也不少，如女真族纥石烈希元、西域人余阙也曾对《易》著说；蒙古人保八有四五种《易》学作品；阿拉伯人赡思，博学通经，对《四书》、《五经》、《老庄》都有论著，而专长于《易》学。